Начав поход против сторонников старой веры, Никон подвергал пыткам наиболее активных представителей раскола. Им резали языки, руки и ноги, сжигали на кострах. При Никоне инквизиторские костры запылали во многих местах. Яркую картину кровавого террора, предпринятого Никоном и его приспешниками, дает, в частности, раскольническая литература. «Никон, — писал в своем послании расколоучитель Аввакум, — епископа Павла Коломенского мучил и сжег в новгородских пределах; протопопа костромского Даниила уморил в земляной тюрьме в Астрахани; священнику Гавриилу в Нижнем приказал отрубить голову; старца Иону Казанца в Кольском остроге на пять частей рассекли; в Холмогорах сожгли Ивана Юродивого, в Боровске — священника Полиевкта и с ним 14 человек. В Нижнем сожгли народу много, в Казани 30 человек, а живущих на Волге в городах и селах и не хотевших принять антихристовой печати клали под меч тысячами. А со мной, —продолжал далее Аввакум, — сидело 60 человек и всех нас мучил и бил и проклинал и в тюрьме держал»1.
Расколоучитель Андрей Денисов в «Повести о жизни Никона» сравнивает участь раскольников с участью первых христиан в Римской империи. Перечисляя орудия пыток — бичи, клещи, тряски, плахи, мечи, срубы, он упоминает и о железных хомутах — типичном орудии инквизиции: «Хомуты, притягивающие главу, руки и ноги в едино место, от которого злейшего мучительства по хребту лежащие кости по суставам сокрушаются, кровь же из уст, и из ушей и ноздрей и из очей течет»2.
В другом раскольническом памятнике гонения против сторонников старой веры изображены так. «Везде бряцали цепи, везде вериги звенели, везде Никонову учению служили дыбы и хомуты. Везде в крови исповедников ежедневно омывались железо и бичи. И от такого насильственного лютого мучительства были залиты кровью все города, утопали в слезах села и города, покрывались плачем и стоном пустыни и дебри, и те, которые не могли вынести таких мук при нашествии мучителей с оружием и пушками, сжигались сами»3.